تأسست مكتبة الكلية في عام 1962 لخدمة التدريسيين وطلاب الدراسات الأولية والعليا في الكلية والمستفيدين من الباحثين والدارسين في الجامعات العراقية الأخرى، تبلغ مساحتها 276م2 خصصت فيها قاعتين للمطالعة وخط انترنيت مع توفير احدث الطبعات من الكتب العلمية الرصينة .

تحتوي المكتبة على مصادر علمية باللغة الانكليزية يبلغ عددها 8373 كتابا في المواضيع الصيدلانية البحتة وجزء منها في العلوم التطبيقية ذات العلاقة و 1036 كتابا باللغة العربية وكانت عدد الكتب المهداة من مصادر مختلفة بحدود 784 كتابا كما احتوت المكتبة على 3950 مجلدا بالانكليزية و40 مجلدا بالعربية و250 مجلة متفرقة أما الأطاريح والرسائل الجامعية  فقد بلغ عددها 320.

تعمل المكتبة على إدخال الأطاريح والرسائل الجامعية  على الحاسوب والكتب والمجلات على برنامج Win ISIS  وترنو إلى إنشاء مكتبة الكترونية.  يتبع المكتبة وحدة مجانية التعليم وهي الجهة المسؤولة عن تجهيز طلبتنا الأعزاء بالكتب المنهجية التي تحرص الكلية على توفيرها بأحدث الطبعات ومتماشية مع أحدث المستجدات في المناهج العلمية المتبعة عالميا.