تأسست كلية الصيدلة سنة 1936 للحاجة الماسة إلى إعداد صيادلة وكيميائيين تتوفر فيهم الكفاءة العلمية والفنية للقيام بالخدمات 
الصيدلانية والتحاليل الكيمياوية في العراق، وكانت تشغل مبنى مؤقتا ملحقا بالمستشفى الملكي، وقد تخرجت الدفعة الأولى ( 12طالبا ) بدرجة صيدلي كيماوي، وفي عام 1947/1948 استحدث في الكلية فرع علمي لدراسة الكيمياء بدرجة بكالوريوس وسميت الكلية رسميا كلية الصيدلة والكيمياء الملكية حتى عام1958 /1959 إذ ألحقت كلية الصيدلة بجامعة بغداد بعد أن كانت تابعة إلى مديرية الصحة العامة في وزارة الداخلية ثم وزارة الشؤون الاجتماعية، فوزارة الصحة طيلة الفترة السابقة، وفي عام 59 /1960 وتماشيا مع الدرجات العلمية التي تمنحها جامعة بغداد أصبحت الشهادة التي تمنح لخرجي الكلية هي شهادة بكالوريوس علوم في الصيدلة، وفي عام 1972/1973 استحدثت الدراسات العليا في الكلية لدراسة الماجستير في أربعة مجالات علمية هي الكيمياء الصيدلانية، والعقاقير والنباتات الطبية، والسموم، والصيدلانيات وفي عام 1975/1976 استحدثت دراسة الدكتوراه في الكيمياء الصيدلانية، وفي عام 1979 /1980 اعتمدت الكلية النظام الفصلي لدراسة. ومواكبة للتطور العلمي والعالمي تم استحداث فرع العلوم المختبرية السريرية عام 1984، وفرع الصيدلة السريرية عام1993 وبذلك أصبح عدد الفروع العلمية في الكلية ستة وهي: الكيمياء صيدلانية ، والصيدلانيات، والعقاقير والنباتات الطبية، و الأدوية والسموم ، والعلوم المختبرية السريرية، والصيدلة السريرية .
الدرجات العلمية التي تمنحها الكلية: – بكالوريوس علوم صيدلة، دبلوم عالي ، ماجستير، دكتوراه فلسفة في الاختصاصات الآتية : عقاقير ونباتات طبية، كيمياء صيدلانية، صيدلانيات، أدوية وسموم، علوم مختبرية سريرية، صيدلة سريرية.
